REVIEW JURNAL ISOLASI DNA

NAMA            : FEBRIANA ARUMSARI

NIM                : 150210103031

KELAS          : A

REVIEW JURNAL

ISOLASI DNA METAGENOMIK DARI  TANAH HUTAN MANGROVE PANTAI SUWUNG BALI

I.                   PENDAHULUAN

Pentingnya enzim selulolitik dalam mendegradasi limbah organik menjadi produk yang lebih bermanfaat, seperti bahan bakar. Berkaitan dengan berlimpahnya selulosa dalam tanah hutan mangrove, kemungkinan besar akan terdapat aktivitas selulase yang mendegradasi biomassa dalam tanah hutan mangrove. Isolasi DNA total dari tanah hutan mangrove dilakukan sebagai pendekatan metagenomik dalam menggali potensi selulase dalam tanah hutan mangrove pantai Suwung Bali. Penelitian ini merupakan jenis penelitian deskriptif-eksploratif yang mana bagian dari penelitian lain yang memiliki tujuan untuk menemukan gen-gen pengkode enzim baru, khususnya selulase.

II.                METODOLOGI PENELITIAN:

Pada jurnal yang berjudul Isolasi DNA Metagenomik Dari  Tanah Hutan Mangrove Pantai Suwung Bali melakukan penelitian dengan menggunakana bahan berupa sampel tanah hutan mangrove, Tris-Cl, Na2EDTA.2H2O, Sodium Dodecyl Sulphate, fenol, kloroform, isoamil alkohol, isopropanol, natrium asetat,  etanol 95%, agarosa, etidium bromida, basa Tris, asam asetat glasial, dan  loading buffer.  Adapun peralatan yang digunakan antara lain, botol polietilen steril, neraca analitik, botol semprot, hot plate, stirer magnetik, termometer, labu ukur, gelas beaker, ball filler, pipet volume, mikro pipet, tip mikro, , tabung mikro 1,5 mL, High Speed Refrigeratored Micro Centrifuge TOMY MX-301, UV Transiluminator Bioinstrument, spektrofotometer UVmini-1240 single beam merk Shimadzu, dan seperangkat alat elektroforesis horizontal (Mupid 2Plus).  

Penelitian ini dilakukan dengan cara pengambilan sampel tanah hutan mangrove diambil di tiga lokasi berbeda, yaitu di lokasi A (8o43’38.20”LS), B (8o43’46,18”LS), dan C (8o43’37,38”LS). Masing-masing lokasi diukur terlebih dahulu pH tanah dan suhunya. Sampel diambil pada kedalaman 0-10 cm dan disimpan dalam botol plastik steril.  Isolasi DNA Total Metagenomik terdapat 2 tahap antara lain,  tahapan preparasi dan tahapan ekstraksi DNA.  Tahapan preparasi penelitian  ini diambil dari metode preparasi sampel Marco pada tahun 2010. Sedangkan pada tahapan ekstraksi DNA diambil dari  metode Amorim et al pada tahun 2008.

III.             HASIL DAN PEMBAHASAN:

Pengambilan sampel dilakukan pada tanggal 10 April 2012, pukul 11.00 - 12.00 WITA dengan kondisi air laut pasang pada ketiga lokasi sampling dan cuaca cerah. Dari hasil pengamatan saat pengambilan sampel tanah diperoleh data pH tanah A dan B adalah 7, sedangkan pH tanah C adalah 6. Suhu tanah di titik A adalah 30^oC, sedangkan untuk titik B dan C adalah 29 ^oC.

Pada penelitian Isolasi DNA metagenomik diawali dengan tahapan preparasi. Pada tahapan ini terjadi pelepasan sel-sel dari matriks tanah, diperoleh endapan coklat yang dianggap sebagai pelet sel. Massa pelet sel dari sampel tanah A, B dan C secara berturut-turut adalah 0,1083 g; 0,2122 g; dan 0,1167 g. Sedangkan tahap Ekstraksi DNA metagenomik dilakukan dengan melisiskan sel secara mekanik menggunakan vorteks dan secara kimiawi dengan penambahan sodium dodesil sulfat (SDS). Pemecahan sel secara mekanik memanfaatkan tumbukan glass beads dengan membran sel ketika divorteks, dilakukan juga pemecahan sel dengan SDS untuk membebaskan DNA dari lemak yang ada pada membran sel. Dari hasil penelitian diperoleh hasil isolasi DNA, berupa endapan berwarna coklat. Tingginya kadar asam humat yang terkandung pada endapan asam nukleat yang berhasil diisolasi. DNA diresuspensi dengan buffer TE 10/0,1 pH 8 dan dianalisa secara spektrofotometri dan dideteksi dengan elektroforesis gel agarosa. Hasil pengukuran absorbansi secara spektrofotometri pada λ 230; 260; dan 280 nm ditampilkan pada table 2.

Menurut Sambrook et al pada tahun 1993, molekul DNA murni memiliki rasio A260/A280 yang berkisar pada 1,8 – 2,0.  Dari rasio A260/A280, bahwa ketiga sampel DNA tersebut masih terkontaminasi oleh protein dan asam humat sehingga kadar DNA-nya tidak bisa ditentukan karena rasionya di bawah kisaran 1,8. Pada hasil elektroforesis gel agarosa, pita DNA dideteksi dengan perendaman gel dalam larutan etidium bromida encer (fluoresens) akan berpendar di bawah sinar UV 254 nm. Hasil elektroforesis sampel DNA lokasi A, B dan C memiliki DNA total yang tidak terkontaminasi oleh RNA. Diamati dari bentuk pita yang lebar, berekor, dan pita DNA total yang banyak mengumpul di bagian atas, dekat dengan sumur, sedangkan kontaminasi RNA pada penelitian ini dapat diketahui melalui adanya pendaran di bagian bawah elektroforegram.

IV.             KESIMPULAN:

Dari hasil penelitian, DNA metagenomik berhasil diisolasi dari tanah hutan mangrove pantai Suwung Bali di tiga lokasi, dari hasil analisis speltrofotometri menunjukkan mengandung kontaminan asam humat dan protein.

JURNAL KIMIA 7 (1), JANUARI 2013 : 19-24

SEMOGA BERMANFAAT :)